宏基因組測序研究，不需要對微生物進行分離培養(yǎng)，以特定環(huán)境中的整個微生物群落作為研究的對象，提取環(huán)境微生物總DNA進行研究。可進行微生物群體的物種分類、基因預(yù)測、功能注釋、樣品間的物種比較、基因差異分析、群體結(jié)構(gòu)分析和多樣性分析等;近年來，隨著測序技術(shù)和信息技術(shù)的快速發(fā)展，利用新一代測序技術(shù)(Next Generation Sequencing)研究宏基因組，能快速準(zhǔn)確的得到大量生物數(shù)據(jù)和豐富的微生物研究信息，為探求微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系提供了重要手段。